Endemys s'associe avec des urbanistes pour apporter son expertise sur le milieu naturel et la biodiversité dans la réalisation des documents d'urbanisme (cartes communales et PLU).
L'objectif est d'améliorer la prise en compte des enjeux environnementaux dans les programmes et plans d'aménagement du territoire, à la fois pour répondre à la législation et pour assurer la retranscription concrète des politiques publiques de conservation de la biodiversité.