Endemys est chargé de réaliser la modernisation des 7 ZNIEFF couvrant au total 13 000 ha.
Une ZNIEFF (Zone Naturelle d'Interêt Ecologique Faunistique et Floristique) est un secteur du territoire particulièrement intéressant sur le plan écologique, participant au maintien des grands équilibres naturels ou constituant le milieu de vie d’espèces animales et végétales rares, caractéristiques du patrimoine naturel régional. L’inventaire des ZNIEFF identifie, localise et décrit les sites d’intérêt patrimonial pour les espèces vivantes et les habitats. Il rationalise le recueil et la gestion de nombreuses données sur les milieux naturels, la faune et la flore.
Etabli pour le compte du Ministère de l’environnement, il constitue l’outil principal de la connaissance scientifique du patrimoine naturel et sert de base à la définition de la politique de protection de la nature. Il n’a pas de valeur juridique directe mais permet une meilleure prise en compte de la richesse patrimoniale dans l’élaboration des projets susceptibles d’avoir un impact sur le milieu naturel. Ainsi, l'absence de prise en compte d'une Znieff lors d'une opération d'aménagement relèverait d'une erreur manifeste d'appréciation susceptible de faire l'objet d'un recours. Les Znieff constituent en outre une base de réflexion pour l'élaboration d'une politique de protection de la nature, en particulier pour les milieux les plus sensibles : zones humides, landes etc.